메뉴 바로가기 본문 바로가기 하단 바로가기

Korea Bioinformation Center

National center for biological research resources and information
추천 검색어

KOBIC 소식

KOBIC participated in the PacBio APAC PopGen Forum

KOBIC participated in the PacBio APAC PopGen Forum 2024. 4. 2. KOBIC participated in the Population Genetics Forum, which was organized by PacBio Asia Pacific and held in Bangkok Thailand in April 2-3.Through this forum, participants shared recent progresses that long-read sequencing technology has brought in the area of rare diseases, precision medicine, and pangenome research, and emphasized the need for international collaboration.In KOBIC, Dr. Jongbum Jeon presented an introduction to the Korea National Human Genome Projects and KOBIC. 2024-04-05

KOBIC 공지

26 2024.03
국가 통합 바이오 빅데이터 구축 사업 공모과제 및 용역 사전 설명회 개최 안내새글 안녕하세요, 한국생명공학연구원 국가생명연구자원정보센터(KOBIC)입니다. 아래와 같이 국가 통합 바이오 빅데이터 구축 사업 공모과제 및 용역 사전 설명회가 진행될 예정입니다. 관심있는 분들의 많은 참여 요청드립니다. □ 설명회 개요 ○ (행사명) ’국가 통합 바이오 빅데이터 구축 사업‘ 공모과제 및 용역과제 공고 사전설명회 ○ (일시) 2024. 3. 28.(목) 14:00 ~ 17:00 ○ (장소) 서울드래곤시티 3층 신라룸 1~5(1~2룸, 3~4룸, 5룸 3개 세션) ○ (규모) 관계부처·사업단·사업 수행기관 등 관계자 약 150여 명□ 설명회 세션 구성 ○ (세션1) 참여자 모집 및 임상정보·검체 수집, 인체자원제작 및 검체 운송(사업단 사무국) ○ (세션2) 데이터뱅크 구축 및 운영(KHIS), 바이오 빅데이터 플랫폼 구축 및 운영(KISTI) ○ (세션3) 유전체 등 오믹스 데이터 생산 분석(KOBIC)감사합니다.한국생명공학연구원 국가생명연구자원정보센터

최신 연구 등록 정보

BioProject Protocols and phenotypes of inflammatory bowel disease mouse models
  • Project IDKAP240700
  • NTIS 과제번호1711141133

공개 분석 파이프라인

Single-Cell-RNA-Sequencing-Pipeline

Single-Cell-RNA-Sequencing-Pipeline

Bio-express's Single-cell-RNA-Sequencing-Pipeline is an extensible toolkit for analyzing single-cell gene expression data using the Scanpy pipeline. It includes methods for preprocessing, visualization, clustering, differential expression testing. Its Python-based implementation efficiently deals with data sets of more than one million cells. we present ANNDATA, a generic class for handling annotated data matrices. This pipeline features 1) We regress out confounding variables, normalize, and identify highly variable genes. 2) TSNE and graph-drawing (Fruchterman–Reingold) visualizations show cell-type annotations obtained by comparisons with bulk expression. 3) Cells are clustered and plotted using the Louvain algorithm. It also supports clustering using various algorithms. 4) Ranking the differentially expressed genes in clusters identifies marker genes that match the bulk label
#Single-cell RNA sequencing
#Human Cell Atlas
#Next-generation sequencing
#Bioinformatics
#Single-cell genomics
#Cell_Biology
#Genomics
#transcriptome
#Biotechnology
#heterogeneity
#Multiomics
#scRNA-seq
#scATAC-seq
#Epigenetics

Whole-Genome-Sequencing

Whole-Genome-Sequencing

The whole-genome-sequencing pipeline is a modular pipeline for processing WGS data. This pipeline takes a fastq file as input and provides haplotype call results and annotations and visualizations based on GATK pipeline. First, raw read data with well-calibrated base error estimates in fastq format are mapped to the reference genome. The BWA mapping application is used to map reads to the human genome reference, allowing for two mismatches in 30-base seeds, and generate a technology-independent SAM/BAM reference file format. Next, duplicate fragments are marked and eliminated with Picard(http://picard.sourceforge.net), mapping quality is assessed and low-quality mapped reads are filtered, and paired read information is evaluated to ensure that all mate-pair information is in sync between each read. We then refine the initial alignments by local realignment and identify suspicious regions. Using this information as a covariate along with other technical covariates and known sites of variation, the GATK base quality score recalibration (BQSR) is carried out. Call germline SNPs and indels via local re-assembly of haplotypes using the recalibrated and realigned BAM files. Finally, we provide somalier, a tool to quickly assess relevance from sequencing data in BAM, CRAM or VCF format.
#Whole-Genome-Sequencing
#WGS
#Genomics
#Next Generation Sequencing
#Precision Medicine
#Clinical Genomics
#noncoding genome
#GATK
#fastp
#Cutadapt
#BWA
#SortSam
#MarkDuplicates
#CountBase
#BaseRecalibrator
#ApplyBQSR
#HaplotypeCaller
#somalier
KOBICian's Story
프로필사진
[6호] 맞춤형 헬스케어의 길을 여는 통합 바이오 빅데이터 양진옥(KOBIC 책임연구원)
국가 통합 바이오 빅데이터 구축 사업단이 2024년 4월 17일 연세대학교 봉래빌딩에서 개소식을 열고 본격적인 운영을 시작하였습니다. 시범사업과 예비타당성조사 등 길고 어려운 과정을 거쳐서 사업의 본격 착수에 이르기까지 같이 고민하고 헌신적으로 참여해 주신 KOBICian 여러분들께 깊은 감사의 마음을 전합니다. KOBIC은 이 사업에서 유전체정보센터의 막중한 책임을 맡고 있습니다. 사업 준비를 위해 매일같이 이어지는 업무 회의와 자료 작성에 더하여 앞으로는 데이터 생산과 분석이라는 ‘본업’까지 더해지게 되어 더욱 바빠질 것이 걱정되지만, 국가적 기대를 한몸에 받는 사업으로서 그 의의를 다시 한 번 짚고 넘어가는 의미에서 이 글을 쓰게 되었습니다. 자연의 변화처럼 매일 변화하는 의료 환경 속에서, 맞춤형 헬스케어와 정밀의료가 주목받고 있습니다. 이러한 의료 서비스는 개인의 유전 정보를 바탕으로 최적화된 치료 및 예방 방안을 제공하고 있습니다. 특히 한국인의 유전적 특성을 반영한 데이터를 활용하여 더욱 효과적인 맞춤 의료가 가능해지고 있습니다. 현대 의료 연구는 방대한 양의 바이오 멀티오믹스 데이터의 체계적인 수집, 저장, 관리 및 활용에 크게 의존하고 있습니다. 이러한 데이터는 개인의 임상 정보, 유전 정보, 공공 데이터, 그리고 라이프로그를 포함하고 있으며, 우리나라에서도 '국가 통합 바이오 빅데이터 구축 사업'을 통해 이러한 정보들을 통합하여 활용할 수 있는 새로운 환경을 조성하고 있습니다. 이 사업에서는 참여자에게서 파생되는 데이터들의 수집 및 품질관리의 과정을 표준화하여 관리함으로써 데이터의 일관성과 신뢰성을 확보합니다. 이 과정을 거쳐 확보된 개인 중심의 데이터들은 또한 최고 수준의 보안 프로토콜과 사용자 동의, 단계별 정보 활용 체계를 갖추어 철저히 보호됩니다. 이러한 통합 바이오 빅데이터는 다차원적 특성을 반영하여 더 광범위하고 정확한 의료 분야의 예측, 예방, 진단, 치료의 해결책을 제공합니다. 예를 들어, 특정 유전적 변이를 가진 환자가 어떤 약물에 더 잘 반응하거나 부작용을 경험할 가능성을 예측할 수 있습니다. 더 나아가, 유전체를 포함한 다중오믹스 데이터를 통합 분석하여, 암이나 심혈관 질환과 같은 복잡한 질병을 초기 단계에서 예측하고, 적절한 예방 조치를 취할 수 있게 됩니다. 이 과정에서 복잡한 질병의 생물학적 경로를 이해하고, 새로운 치료 타겟을 발견함으로써 효과적인 신약 개발에 기여할 수 있습니다. 특히 단백체 및 대사체 데이터는 신약 후보의 선별 과정에서 겪는 어려움과 시간을 크게 줄여줍니다. 이러한 통합 바이오 빅데이터는 한국인의 유전적 변이와 연관 질병, 반응성을 이해하고 의학적 의사 결정에 적용하는데 기반 자료가 될 것입니다. 이는 서구 인구 집단을 기반으로 생성된 대부분의 유전체 및 오믹스 데이터가 아시아인, 특히 한국인의 특성을 제대로 반영하지 못하는 문제를 해결할 것입니다. 이러한 통합 바이오 빅데이터 구축은 연구의 효율성을 높이고 연구 개발 비용을 절감하는 데 크게 기여합니다. 또한, 데이터 수집 및 활용 과정에서 발생할 수 있는 문화적, 윤리적 차이를 국내에서 수집, 관리함으로써 효과적으로 이슈를 해결할 수 있습니다. 이는 개인의 프라이버시 보호와 같은 윤리적 문제가 중요한 의료 데이터의 경우 더욱 그러합니다. 어느덧 한낮에는 벌써 여름이 왔나 싶을 정도로 기온이 크게 오르고 있습니다. 계절의 변화를 거스를 수 없듯이, 바이오 의료 연구 환경의 발전도 멈추지 않을 것입니다. 한국인 맞춤 의료 서비스의 미래를 이루기 위해, 이제는 우리 모두가 고품질의 데이터와 데이터 기반 기술의 힘을 이해하고 그 가능성을 활용할 때라고 생각합니다. 국가 단위의 통합 바이오 빅데이터 구축은 바이오 산업을 활성화시키고 새로운 기술을 발굴할 수 있는 열쇠를 제공할 것입니다. 그리고 구축된 데이터 기반 활용 환경(데이터 은행)은 앞으로 지속 가능하고 효율적인 의료 연구 데이터 관리의 새로운 모델을 만들어 나아갈 것입니다. 통합 바이오 빅데이터를 중심으로 한 의료 발전이 우리의 미래를 어떻게 변화시킬지 기대해 보며, 이 길을 함께 걸어갈 각각의 연구자, 의료인, 정책 결정자들의 지속적인 협력과 노력이 필요한 때라고 생각합니다.
Bio-Express 사용방법 바로가기

바이오익스프레스 서비스는 동적 컨테이너 기반 자동화된 워크플로우 분석 플랫폼과 고속 데이터 전송 서비스를 통해 과학 분야의 빅데이터 분석을 가능하게 하는 국내 유일의 클라우드 기반 통합 데이터 분석 서비스입니다.

다운로드

환경에 맞는 OS용 워크벤치 및 고속전송 서비스를
다운로드 해주세요.
Bio-Express CLOSHA Workbench
Bio-Express GBox
Bio-Express GBox-CLI

5,016명

사용자

865건

워크스페이스

74,617건

실행 태스크
국가바이오데이터스테이션 데이터 활용 바로가기

바이오 연구 데이터란 생명과학 분야의 국가 R&D 사업을 통해 생산된 모든 종류의 데이터를 의미하며, 이러한 데이터를 활용한 혁신 연구 방식이 각광받으면서 R&D 혁신을 견인하는 핵심요소로 부각되고 있습니다. 이를 위하여 부처·사업·연구자별 흩어져 있는 데이터를 통합 수집·제공하는 국가바이오데이터스테이션을 구축하여 데이터 기반 바이오 연구 환경을 조성하려 합니다.

데이터별 등록 현황

  • 421건

    바이오프로젝트

  • 46,253건

    바이오샘플

  • 75,351건

    등록된 데이터

바이오 프로젝트 등록 현황

등록 누적 건수(건)
국가 바이오 빅데이터 사업 사업소개 바로가기

정밀의료의 근간이 되는 바이오 빅데이터는 사후적 치료 중심에서 개인 맞춤형 치료·예방의료로 전환됨에 따라 중요도가 커지고 있습니다. 특히 선점 효과가 큰 바이오 산업의 경우 선제적 투자가 필요하며, 주요국들은 대규모 바이오 빅데이터를 구축하고 있습니다. 이에 따라 국가적으로 미래 의료 선도를 위한 국가 바이오 빅데이터를 구축하기 위해 본 사업이 시행되었습니다. 정밀의료 시대의 중심인 '바이오 빅데이터'를 국가차원에서 수집-저장-활용 할 수 있는 기반을 조성하고, 신산업 촉진 및 건강한 삶의 증진에 기여하고자 합니다.

임상정보 수집

16개 희귀질환 협력기관을 지정 운영하여 희귀질환자 모집 후 임상정보 수집

데이터 분석

수집된 희귀질환자의 검체를 자원 제작 기관으로 운송 후 유전체 데이터 생산ㆍ분석

데이터 공유

수집된 임상정보 및 유전체 데이터는 3개의 기관에서 컨소시엄을 구성해 공유

데이터 활용

분석한 데이터는 희귀질환자 상담 및 진료 ㆍ연구 활동 등에 활용

유전체 데이터 25,000
변이분석 데이터 25,000
임상 정보 25,000
코호트 7
감염병 연구정보포털 소개 바로가기

감염병 연구정보포털(Infectious Disease Data Portal)은 전 세계 감염병 바이러스의 연구데이터를 통합 제공하는 포털 서비스 입니다. 빠르게 변화하는 상황에서 감염병을 이해하고 치료법과 백신을 개발하기 위해 데이터와 결과를 조화롭게 공유하기 위해 KOBIC은 전세계 감염병의 연구정보데이터를 통합하여 제공하고 있습니다.

시퀀스 대시보드

88,386 국내 유전체 서열
1,354 국내 단백질 서열
19,685,177 국외 유전체 서열
35,837,682 국외 단백질 서열
19,764,289 코로나 유전체 서열
35,333,179 코로나 단백질 서열
바이러스

감염병 개요, 입자 및 유전체 구조, 생활사, 역학, 변이 등 바이러스에 대한 통합 정보를 제공

데이터

전세계에서 수집한 염기서열 및 단백질 서열, 단백질 구조를 품질분석하여 제공

통계

바이러스 데이터의 발병 시기, 지역, 변이 등 다양한 통계 서비스

분석도구

간단한 웹 기반의 감염병 표준 염기서열 BLAST 서비스

교육지원

제 47회 차세대 생명정보학 교육 워크샵 - 전사체ㆍ단일세포 유전체 분석 교육

  • 일시23. 08. 24(Thu) 09:30 ~ 23. 08. 24(Thu) 17:30
  • 장소한국생명공학연구원 KOBIC동 3층 교육실

제 46회 차세대 생명정보학 교육 워크샵 - Long read sequencing 데이터 분석 교육

  • 일시23. 08. 17(Thu) 10:00 ~ 23. 08. 17(Thu) 15:00
  • 장소한국생명공학연구원 KOBIC동 3층 교육실

교육지원 누적 실적(건)

연구지원

국내 생명과학 연구의 활성화를 위하여 생명정보학 전문지식 습득 및 전산자원이 필요한 연구자 여러분들께 다양한 생명정보학 관련 연구와 교육을 지원합니다.

  • 042-879-8544
  • swhwang@kribb.re.kr

KOBIC 온라인 교육

바로가기
TOP