제3회 KOBIC 차세대 생명정보학 교육 워크샵by 관리자 - Monday, 12 February 2018, 4:31 PMComment 0 VIEW 454

제 3회 KOBIC 차세대 생명정보학 교육 워크샵

“ Advanced Ensembl Cource - API & de novo Assembly - Curtain ”


■ 모시는 글

최근 유전체 관련 기술은 실로 눈부신 발전을 거듭하여 생명과학 및 의약산업의 모든 분야에 걸쳐 핵심적인 기술로 자리매김하고 있습니다. 이러한 유전체의 해석을 돕고자 금번 제3회 교육 워크샵은 아래와 같이 기획하였습니다. 많은 관심과 격려를 부탁드리고 적극적으로 참여해 주시기 바랍니다. 감사합니다.


국가생명연구자원정보센터장 이상혁 배상



▶ Advanced Ensembl Workshop: This workshop is aimed at both experimental biologists and computational scientists interested in exploring Ensembl beyond the website. Participants will be expected to have experience in writing Perl programs. A background in object oriented programming techniques and familiarity with databases (MySQL) would be an advantage. Ensembl uses MySQL relational databases to store its information. A comprehensive set of Application Programme Interfaces (APIs) serve as a middle-layer between underlying database schemes and more specific application programmes. The APIs aim to encapsulate the database layout by providing efficient high-level access to data tables and isolate applications from data layout changes. In this workshop we will introduce the core and variation databases and APIs. Starting with the database schema to move to the API design as well as its most important objects and their methods. This will be followed by practical sessions in which the participants can put the learned into practice by writing their own Perl scripts.


▶ A trip through the next generation jungle with Curtain: The arrival of the next generation sequencing technology has brought an explosion of data which could not be handled by traditional methods. New programs, such as Velvet, have been developed for de novo genomic sequence assembly, using the a Bruijn graph representation of the data for memory efficiency and speed. The use of paired-end information in such approaches works especially well, but reaches memory limitations when working with larger genomes. Curtain is a pipeline for genome assembly which, by collecting reads mapping to the same region into discreate bins and then assembling each bin separately, reduces the memory footprint and enables the use of paired read data on larger genomes. A highly-parallel implementation also enables the use of a compute farm to additionally reduce the runtime required.



■ 프로그램

  1. 09:30 - 12:30 : Ensembl Core
  2. 12:30 - 13:30 : Lunch
  3. 13:30 - 14:30 : Curtain Seminar
  4. 14:30 - 14:45 : Break
  5. 14:45 - 17:45 : Ensembl Variation



■ 참고사항

  1. 1. S/W Requirement: Perl Programming 및 Linux 환경에 대한 기본적인 이해 필요
  2. 2. 교육원 실습실 컴퓨터를 사용할 예정이며 노트북 소지자의 경우에는 VirtualBox를 설치해야 함. http://www.virtualbox.org  
  3. 3. 강사 : Matthias Haimel(EBI), William McLaren(EBI)

    *모든 강의는 영어로 진행됩니다.



■ 주최

국가생명연구자원정보센터(Korean Bioinformation Center, http://www.kobic.re.kr )



■ 일시 및 장소

일 시: 02월 16일 (수요일)

장 소: 대전 통계교육원 (http://sti.nso.go.kr )

대전광역시 서구 월평2동 282-1번지 통계센터 통계교육원
전화번호: 042-366-6244 ~ 6245



■ 등록

  1. 참가비무료, 교재 및 점심식사 제공 (통계교육원 구내식당 이용)
  2. 사전등록 방법 : KOBIC 교육 홈페이지 http://education.kobic.re.kr/  접속 →수강신청 클릭
  3. 문의 : 이메일 edu@kobic.kr 전화 042-879-8549 팩스 042-879-8519
  4. 모집인원: 30명

*등록하시는 분들은 반드시 참가하시기를 바라며 아울러 모집인원이 초과할 경우 조기에 마감될수 있음을 알려드립니다