본문영역 바로가기 하단 바로가기

국내 유일의 클라우드 기반 통합 데이터 분석 서비스

공개된 프로그램 및 파이프라인 열람을 통한 분석 기초 정보 확인

분석 프로그램

Bio-Express에는 총 39개의 프로그램이 등록되어 있습니다.

FastQC
FastQC is a program designed to spot potential problems in high througput sequencing datasets. It runs a set of analyses on one or more raw sequence files in fastq or bam format and produces a report which summarises the results.
  • IDBX03-20220112-0270
  • 대분류Bioinformatics
  • 중분류Whole-Genome-Sequencing
  • 구동환경BX_ENV_00
  • 언어Bash
  • 코어수Single
  • 버전0.11.9
  • 등록자bioex
  • 등록일2022-01-12
  • 수정일2022-01-12
#FastQC
gene_expr_visualization
Gene expression visualization
  • IDBX03-20211203-0263
  • 대분류Bioinformatics
  • 중분류SPATIAL_scRNA_seq
  • 구동환경NA
  • 언어Python
  • 코어수Multi
  • 버전1.0
  • 등록자cogate
  • 등록일2021-12-03
  • 수정일2021-12-08
#gene_expr_visualization
Find_cluster_marker
Finding differentially expressed features (cluster biomarkers)
  • IDBX03-20211201-0261
  • 대분류Bioinformatics
  • 중분류SPATIAL_scRNA_seq
  • 구동환경NA
  • 언어Python
  • 코어수Multi
  • 버전1.0
  • 등록자cogate
  • 등록일2021-12-01
  • 수정일2021-12-07
#cluster marker
Integration_scRNA_data
integration scRNA-seq data with spatial scRNA-seq data
  • IDBX03-20211201-0259
  • 대분류Bioinformatics
  • 중분류SPATIAL_scRNA_seq
  • 구동환경NA
  • 언어Python
  • 코어수Multi
  • 버전1.0
  • 등록자cogate
  • 등록일2021-12-01
  • 수정일2021-12-08
#integration with signle-cell data
Clustering
Seurat spatial scRNA analysis pipeline : Dimensionality reduction, clustering, and visualization This module process : 1) RunPCA, 2) FindNeighbors, 3) FindClusters, 4) RunUMAP
  • IDBX03-20211130-0255
  • 대분류Bioinformatics
  • 중분류SPATIAL_scRNA_seq
  • 구동환경NA
  • 언어Python
  • 코어수Single
  • 버전1.0
  • 등록자cogate
  • 등록일2021-11-30
  • 수정일2021-12-08
#spatial_scRNA_clustering
Preprocessing
Seurat spatial scRNA-seq data preprocessing
  • IDBX03-20211129-0253
  • 대분류Bioinformatics
  • 중분류SPATIAL_scRNA_seq
  • 구동환경NA
  • 언어Python
  • 코어수Single
  • 버전1.0
  • 등록자cogate
  • 등록일2021-11-29
  • 수정일2021-12-31
#Seurat##Spatial_scRNA-seq
Spaceranger
Visium Spatial Gene Expression is a next-generation molecular profiling solution for classifying tissue based on total mRNA. Space Ranger is a set of analysis pipelines that process Visium Spatial Gene Expression data with brightfield and fluorescence microscope images.
  • IDBX03-20211123-0251
  • 대분류Bioinformatics
  • 중분류SPATIAL_scRNA_seq
  • 구동환경NA
  • 언어Python
  • 코어수Multi
  • 버전1.0
  • 등록자cogate
  • 등록일2021-11-23
  • 수정일2021-12-08
#Visium Spatial gene Expression##mapping
PlotEmbed
Visualize embedded data using FIt-SNE, T-SNE, UMAP.
  • IDBX03-20211118-0248
  • 대분류Bioinformatics
  • 중분류Single-Cell-RNA-Sequencing
  • 구동환경BX_ENV_00
  • 언어Python
  • 코어수Single
  • 버전0.1
  • 등록자bioex
  • 등록일2021-11-18
  • 수정일2021-11-18
#visualize#plot#FIt-SNE#T-SNE#UMAP
PlotMarker
Find marker genes and visualize embedding plots and other plots using marker genes.
  • IDBX03-20211118-0249
  • 대분류Bioinformatics
  • 중분류Single-Cell-RNA-Sequencing
  • 구동환경BX_ENV_00
  • 언어Python
  • 코어수Single
  • 버전0.1
  • 등록자bioex
  • 등록일2021-11-18
  • 수정일2021-11-18
#marker_genes#plot#dotplot#violinplot#stacked_violin_plot#FIt-SNE#T-SNE#UMAP
Import_anndata
Read 10x-Genomics-formatted mtx directory. 3 MTX files in {input path +"/outs/filtered_feature_bc_matrix"} would read.
  • IDBX03-20211118-0240
  • 대분류Bioinformatics
  • 중분류Single-Cell-RNA-Sequencing
  • 구동환경BX_ENV_00
  • 언어Python
  • 코어수Single
  • 버전0.1
  • 등록자bioex
  • 등록일2021-11-18
  • 수정일2021-11-18
#Mtx#cellranger#read#single cell#scanpy#anndata